Cada Departamento Académico es una unidad de servicio, subordinada a la Facultad, que reúne a los profesores que cultivan la misma disciplina o disciplinas afines y que tiene como función coordinar las actividades de sus integrantes, orientadas a cumplir con los requerimientos de la Facultad.

Cada Departamento Académico está a cargo de un Coordinador, Profesor Principal o Asociado a dedicación exclusiva o tiempo completo. Los Departamentos Académicos son los encargados de prestar los servicios docentes que se requieren para que la Facultad logre sus fines en la educación veterinaria, la investigación científica y la extensión universitaria y proyección social.

En la Facultad de Medicina Veterinaria, los Departamentos Académicos están constituidos por los laboratorios, clínicas y Estaciones del IVITA asignadas; y son lugares que funcionan como la unidad administrativa donde los docentes realizan sus actividades académicas, investigación y responsabilidad social.